Na petroquímica, a biotecnologia também tem tido papel importante: bactérias capazes de metabolizar chumbo, cádmio, enxofre e nitrogênio têm sido utilizadas em processos de refinamento, reduzindo a quantidade de contaminantes no petróleo e permitindo a produção de combustíveis mais limpos, reduzindo, por exemplo a quantidade de enxofre no combustível.
Se o enxofre não é completamente extraído, na queima de combustíveis derivados de petróleo, há liberação para o ar do subproduto SO2 que, na presença de matéria particulada e aerossol, acarreta a ocorrência das seguintes reações.
I 2SO_2(g) + O_2(g) \rightleftharpoons 2 SO_3(g)\,\,\,\,k_c = 4,2 x10^2\,a\,700^{ \circ}C
IISO_3(g) + 2H_2O( \ell) \rightharpoonup H_3O^+(aq)+ HSO_4^-(aq)
No caso do nitrogênio, ocorre reação com oxigênio no interior dos motores de automóveis, devido às altas temperaturas ali existentes. Nesses motores, estabelece-se o seguinte equilíbrio.
III N_2(g) + O_2(g) \rightleftharpoons 2 NO(g)\,\,\,\,\,\,K_c =1,0 x10^{-30}\,a\,25^{ \circ}C
O gás produzido pode ser oxidado no ar e o óxido gerado pode reagir com água formando HNO3.
Os catalisadores de escapamentos de automóveis agem aumentando a velocidade de conversão do NO em N2 e do SO2 em H2S, o que reduz os efeitos negativos da queima de combustíveis ao meio ambiente. A presença de chumbo e cádmio no combustível, por sua vez, pode inutilizar o catalisador por causa da adsorção dessas substâncias.
