A figura acima representa a variação da energia potencial — Ep — em função da distância — d — entre os átomos de hidrogênio e oxigênio participantes da ligação H–O da fenilalanina, tendo como referência o átomo de oxigênio. A energia total — E — é a soma das energias cinética — Ec — e potencial, isto é, E = Ec + Ep = -0,15 eV no caso em estudo. A energia é dada em elétron-volt (eV) e a distância, em angström (Å). O ponto de energia potencial mínima, denominado ponto de equilíbrio, é alcançado quando a distância entre os átomos for igual a de. Próximo ao ponto de equilíbrio, a energia potencial pode ser aproximada pela função quadrática Y(x)= \frac{Å}{2}x^2 -0,4, em que x representa o deslocamento do átomo em relação ao ponto de equilíbrio e k é uma constante de proporcionalidade.