Processos biológicos têm sua importância reconhecida nos processos de recuperação e de manutenção da fertilidade do solo. Sobre isso, podemos afirmar:
a inoculação de rizóbio em leguminosas não traz benefícios em áreas cultivadas anteriormente com a cultura.
a fixação biológica do nitrogênio é realizada por um grande número de bactérias e por alguns fungos do solo, como os micorrízicos.
a formação de agregados do solo, decorrente da ação das hifas de fungos, melhora a estrutura do solo, enquanto a matéria orgânica afeta a textura do solo.
para se evitarem as perdas de nitrogênio em arroz irrigado, é recomendada a aplicação de nitrogênio em forma de nitrato, menos suscetível a perdas gasosas.