A técnica de PCR em tempo real (real time PCR) foi desenvolvida com base na reação de PCR convencional. É considerada uma vantagem dessa técnica sobre a PCR convencional:
o posterior aproveitamento do produto da reação para realização de ensaios de sequenciamento do genoma alvo.
o menor tempo para avaliar uma reação (pode ser menor que uma hora) e a dispensa de um sistema de detecção por separação.
a ausência de contaminação, uma vez que não há necessidade de manuseio do produto amplificado durante a técnica.
a dispensa do uso prévio de técnicas de extração do genoma viral a partir das amostras clínicas testadas.