O PCR convencional é uma técnica de alta sensibilidade sujeita à contaminação. Para prevenir a contaminação da reação de PCR é indicado:
transportar a amostra em meio de transporte viral ou solução salina estéril tamponada com fosfato e limpar frequentemente equipamentos e superfícies de laboratório com água sanitária a 10%.
incluir uracil-Nglicosilase na mistura de reação e reduzir a concentração dos iniciadores (primers) específicos e de cloreto de magnésio (MgCl2) na mistura da reação.
incorporar mais de um conjunto de iniciadores (primers) à mistura de reação, permitindo a detecção de múltiplas regiões de um mesmo alvo.
separar fisicamente o laboratório em seções onde (I) a amostra é preparada, (II) a reação de PCR é preparada, (III) ocorre a reação de amplificação por PCR e (IV) os produtos de amplificação são detectados