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Na bacteriologia, a palavra bactéria foi introduzida pelo cientista alemão C. G. Ehrenberg, em 1928. Louis Pasteur e Robert Koch foram os primeiros a estudar estes microorganismos como causadores de algumas enfermidades. Estes microscópicos seres, inicialmente, foram classificados como vegetais na taxonomia de Lineu; também foram estudados na classe Scizomycetes dos fungos; posteriormente, foram identificados como protistas e, só a partir de 1977, com técnicas moleculares, aplicadas por Carl Woese, é que passaram a ser identificados como procariontes. As bactérias estão distribuídas em Eubactérias e Archeobactérias.
Para alguns cientistas, esses dois grupos têm algo em comum, quando afirmam que elas