O objetivo geral do Programa Pedagógico (2009), elaborado pela Fundação Catarinense de Educação Especial em parceria com a Secretaria de Estado da Educação de Santa Catarina, é:
Desenvolver, em articulação com as Secretarias de Estado de Desenvolvimento Regional, a política estadual de educação especial e de atendimento à pessoa com deficiência, condutas típicas e altas habilidades.
Estabelecer diretrizes dos serviços de educação especial para qualificar o processo de ensino e aprendizagem dos alunos com deficiência, condutas típicas e altas habilidades,
matriculados no ensino regular ou em Centros de Atendimento Educacional Especializados (CAESP).
Definir normas técnicas referentes à acessibilidade física, pedagógica, comunicacional e informacional, assegurando a eliminação de barreiras à escolarização dos alunos da educação especial.
Estabelecer diretrizes dos serviços de educação especial para qualificar o processo de ensino e aprendizagem dos alunos com deficiência, condutas típicas e altas habilidades, matriculados exclusivamente em escolas do ensino regular.